Ele se passa milhares de anos depois do primeiro Nier de PS3\360, a raça humana desenvolveu máquinas com inteligência artificial que, posteriormente, se tornaram uma ameaça à humanidade. Como contra medida, foram criados androides de combate com o único propósito de expurgar as máquinas da face terrestre e assim, dar o desejado retorno dos humanos ao planeta (Os últimos humanos fugiram para a Lua). Vc controla três androides durante sua jornada, que são a 2B, a A2 e o 9S. Cada um com habilidades únicas e campanhas distintas. O plot central é cheio de reviravoltas que te deixam de boca aberta,